Tak hanya sekolah dasar yang tumbuh pesat di era keemasan Kerajaan Usmani. Sekolah yang levelnya lebih tinggi, seperti madrasah atau perguruan tinggi juga bermunculan. Dari madrasah itulah lahir sarjana-sarjana handal yang menguasai sains dan peradaban. Itulah salah satu modal yang membuat Imperium Turki menjadi negara yang kuat, pada masanya. Kekuatan pemerintahan Usmani yang mampu menciptakan stabilitas politik dan ekonomi juga turut menopang perkembangan madrasah. Sistem pendidikan madrasah yang diterapkan pemerintahan Usmani sedikit-banyak turut mengadopsi warisan dari Dinasti Seljuk Turki. Bagi Kerajaan Usmani, pendidikan merupakan bidang yang terbilang amat penting.

Tak heran jika di setiap wilayah yang ditaklukannya, pemerintahan Usmani selalu membangun madrasah di sekitar masjid. Ini merupakan bagian dari kebijakan penaklukan yang dilakukan Imperium Usmani. Bagi Turki Usmani, agama, ilmu pengetahuan, dan pendidikan merupakan tiga hal yang penting. Melalui pendidikan, pemerintahan Ottoman itu akan memiliki pegawai yang terdidik dan berkualitas.

Madrasah pertama yang dibangun pemerintahan Usmani berada di Iznik (Nicea). Adalah Orhan Gazi – penguasa Dinasti Usmani — yang kali pertama membangun madrasah itu. Dia membangun madrasah itu, tak lama setelah menaklukan kota itu pada 1330-1331 M. Untuk mengelola dan membiayai operasional madrasah itu, Orhan membentuk lembaga wakaf. Orhan juga ikut menjadi pengajar bersama wakilnya mevlana Davud Al-Kaysery yang telah menamatkan pendidikannya di Mesir.

Sejumlah ilmuwan terkemuka pada waktu itu, seperti Davud Al-Kayser dan penggantinya Taceddin Al-Kurdi, serta Alaedin Esved juga turut mengajar di madrasah itu. Antara abad ke-14 hingga 16, tak kurang dari 115 ilmuwan telah lahir dari madrasah yang berada di Anatolia dan negara Islam lainnya. Sejak saat itulah, setiap penguasa Usmani mendirikan madrasah.

Sultan Murad II di Edirne mendirikan Dar Al-Hadits Madrasah. Karamanoglu Ali Bey pada 1415 mendirikan Akmadrasa di Nigde. Sultan Muhammad II juga mendirikan Sahn-i Saman madrasa. Di Bursa Lala Sahin Pasha Madrasa yang didirikan pada 1348, tak sembarang guru bisa mengajar. Hanya guru yang berilmu dan berwawasan luas yang boleh mengajar.

Pada era kejayaannya. Madrasah yang didirikan tak hanya mencetak ulama. Namun, juga ilmuwan yang menguasai filsafat, matematika, astronomi, ilmu alam, geografi, serta kedokteran. Mulai dari abad ke-14 hingga Sultan Muhammad berkuasa, Imperium Usmani memiliki sekitar 42 madrasah yang tersebar di Bursa 25 madrasah, 13 madrasah di Edirne, dan empat madrasah di Iznik.

Dalam waktu yang singkat, jumlah perguruan tinggi yang dimiliki Kerajaan Usmani terus bertambah banyak. Beberapa tahun kemudian, jumlahnya bertambah menjadi 82 madrasah. Itu berarti setiap dua tahun, berdiri dua perguruan tinggi atau madrasah. Setiap madrasah dirangking berdasarkan statusnya.

Sayangnya, perkembangan dan kemajuan yang dicapai madrasah- madrasah di era Usmani itu mulai menurun pada abad ke-17 M. banyak pemikir Turki memperkirakan kemunduran itu terjadi akibat terlalu banyaknya jumlah mahasiswa yang belajar dan turunnya kualitas tenaga pengajarnya.